Após uma virada que se consolidou a duas semanas das eleições e com o apoio do presidente Luiz Inácio Lula da Silva, Camilo Capiberibe (PSB) venceu a disputa e foi eleito governador do Amapá, derrotando o candidato Lucas Barreto (PTB).
A disputa pelo governo do Amapá chegou ao segundo turno depois de uma tumultuada campanha, que incluiu a prisão de um dos candidatos, o atual governador, Pedro Paulo Dias de Carvalho (PP), detido em razão da Operação Mãos Limpas, da Polícia Federal, no dia 10 de setembro.
Outras 17 pesssoas foram presas, acusadas de participação em uma organização criminosa que teria desviado recursos públicos do Amapá e da União. Também foi preso o ex-governador e candidato ao Senado Waldez Goés (PDT). Depois, os candidatos foram liberados pela Justiça.
Os dois candidatos presos tiveram seus registros aprovados pela Justiça Eleitoral. Continuaram concorrendo enquanto a Justiça Eleitoral não se pronunciou. Se fossem eleitos, poderiam ter de deixar o cargo caso fossem cassados após a diplomação. O nome deles continuou na urna eletrônica.