A Companhia Independente de Polícia Militar Florestal (CIPMFlo) foi ativada em 1987, com sede em Corumbá e 80 policiais militares. Basicamente, o policiamento e a fiscalização destinavam-se a coibir, de forma repressiva, a caça ao jacaré, no pantanal sul-mato-grossense, crime ambiental amplamente divulgado pela mídia local, nacional e até internacional, que colocava em dúvida o poder do Estado em manter a ordem no que se referia aos crimes ambientais. Travou-se uma guerra, que foi vencida e, o jacaré que quase chegou à extinção hoje tem população que alguns já consideram excessiva.
Em razão de a Unidade exercer toda a fiscalização ambiental no Estado, no ano de 2000, o nome foi mudado de Companhia Independente de Polícia Militar Florestal para Companhia Independente de Polícia Militar Ambiental, por força do Decreto Estadual 9773/2000. Nome mais abrangente, que se alinha com a fiscalização que sempre foi exercida, ou seja, todas as infrações e crimes contra o meio ambiente. O Decreto trouxe como prioridade as ações preventivas de Educação Ambiental, que hoje são executadas nas escolas, empresas e exposições, da Capital e do interior. Foi feita a instalação de um museu com animais empalhados, onde são ministradas palestras sobre fauna, tráfico de animais silvestres, pesca predatória. Nos estabelecimentos de ensino são também apresentadas peças em teatro de fantoches. Trabalho esse com grande retorno junto à população, pela sensibilização ecológica e consequente diminuição das infrações ambientais que é o objetivo maior da guardiã do meio ambiente.
A Educação Ambiental é o que a PMA considera fiscalização do futuro, pois, a diminuição dos crimes ambientais passa pela mudança cultural da população. O trabalho educacional, com crianças e adolescentes que estarão no comando das ações no Estado e no País, com certeza, contribuirão com o pensamento da necessidade de harmonia do homem com o ambiente.